Merpay adalah layanan pembayaran seluler di dalam aplikasi Mercari yang menyatukan pembayaran, pengelolaan penggunaan, dan penyelesaian transaksi. Hasil penjualan di Mercari yang tersimpan sebagai saldo Merpay serta poin dapat dipakai untuk belanja di toko maupun daring. Situs resmi menyebut dukungan iD dan pembayaran kode di mitra Jepang seperti minimarket, restoran, dan toko obat. Merpay Card terkait memungkinkan saldo dan poin digunakan untuk transaksi kartu. Situs menyediakan panduan, FAQ, artikel, berita, pembayaran online bagi pedagang, informasi perusahaan, dan keterangan hukum.