NBDC是日本科学技术振兴机构（JST）的生命科学研究数据整合与服务项目，现设于JST信息服务部门的NBDC项目办公室。官方介绍说明，该项目开展研究数据的收集、整理和公开，建设与整合各领域核心数据库，并提供便于检索、浏览和利用数据的信息基础设施。它直接提供的网络服务包括Integbio数据库目录（汇集日本国内外生命科学数据库信息）、生命科学数据库跨库检索，以及长期保存并公开研究者提交数据集的生命科学数据库档案库。档案库支持批量下载，也可在浏览器中进行简易浏览和搜索，并为数据集提供统一格式的元数据、使用许可说明和DOI。NBDC希望让生命科学研究数据更丰富、互联且易于使用，从而推动新的知识和创新；JST也说明项目与日本及海外机构合作开展这些工作。
J-GLOBAL是日本科学技术振兴机构（JST）提供的科学技术信息数据库。JST将其介绍为连接多个科学技术数据库的综合门户，并说明服务旨在通过连接和扩展信息来支持新想法的产生。根据官方介绍，平台提供九个领域的基础信息和汇总信息，包括研究人员、研究论文、专利、研究项目、机构、科技术语、化学物质、材料和研究资源。其信息范围既涉及研究人员和研究成果，也包括组织、专业术语、物质及资源，并不限于论文或专利。J-GLOBAL的核心定位，是把科学技术领域中这些不同类型的信息纳入相互关联的数据库服务。 这九类信息共同构成JST所列数据库服务的主要内容范围。
CiNii Research是日本国立情报学研究所（NII）提供的学术信息发现服务。它不仅检索论文，也可查找研究数据、图书、博士论文、研究项目以及研究人员信息。用户可以在首页选择资料类型，并跨库检索机构知识库、KAKEN科研资助项目及成果、国立国会图书馆期刊文章索引、JaLC、Crossref、OpenAIRE等来源的记录。检索结果提供书目信息和研究数据说明；如果原文由其他机构公开，用户可以沿链接前往提供机构页面，图书则可查看馆藏信息。CiNii Research并不直接保存并提供所有结果的全文，原文是否可读、显示权限及再利用条件取决于数据来源和具体资料。研究人员和学生可将文献、数据与项目放在一起调查，其他读者也能借此发现日本的学术资源。它更像连接多个学术数据库的检索入口，而不是单一的全文资料库。
J-STAGE是由日本科学技术振兴机构（JST）开发和运营的学术出版平台，旨在传播日本研究成果并推动开放获取。平台汇集日本学术团体和研究机构出版的期刊、会议论文集、研究与技术报告、杂志及其他出版物。读者可以搜索论文，也可以按刊名、出版机构和学科领域浏览；覆盖科学、技术、农业、医学、人文、社会科学及交叉学科。官方介绍列出来自日本2400多家出版机构的4000多种出版物，并称超过90%的论文可免费阅读。开放获取论文会显示知识共享（Creative Commons）许可及相应的再利用条件。搜索和阅读无需注册账户；用户可以免费选择注册My J-STAGE，以保存常用检索条件并接收新论文提醒。不同文章的访问权限和再利用权利并不相同，应查看每篇论文显示的访问说明和许可证，而不能假定平台上的所有内容都可无限制使用。
AgriKnowledge是用于查找日本农业、林业和渔业研究论文及相关信息的文献服务，既能跨多个数据库综合检索，也能单独查询某个资料库。JASI（日本农学文献索引）收录日本每年出版的约500种农业、林业和渔业学术期刊中论文等文献的书目信息。AGROLib（农业林业水产文献库）提供研究机构、公立试验研究机构、大学以及学会、协会等出版物中已获刊载许可的全文资料。另有历史农具数据库，可按名称或用途查找日本农村过去使用的农具和民俗器物，并查看相关图像；该馆藏被明确标为档案，今后不计划新增数据。研究人员和学生可用它查阅文献，从事农业生产或政策工作的人也能寻找相关资料。全文仅限获得许可的内容，农具展示和图像使用可能还需另行申请授权。使用前应查看具体条目的说明，因此不能把整个数据库理解为所有资料均可免费获取或自由再利用。
日本农研机构（NARO）是服务于日本农业与食品产业发展的国家研究机构，开展从基础研究到应用开发的广泛工作。其分布全国的研究基地和专业研究中心涉及作物、食品、农业机械、农业环境以及动物卫生等领域。机构网站按主题发布研究课题、成果和新闻，并分别提供面向农业生产者、企业、研究人员与学生以及公众的内容。为帮助研究成果在生产现场和产业中应用，网站还提供标准作业规程（SOP）、品种与专利信息、联合研究及技术转移相关说明。其一项官方研究成果介绍了面向包括水稻在内的13种作物的土壤诊断人工智能，利用土壤分析和农事数据判断土壤状况并提出改进建议。NARO报告称，该系统在13种作物上的建议与专家意见一致率均达到90%以上，并说明可加入地区或生产法人数据来调整模型。这项人工智能被作为研究成果介绍，页面并未称其为已向公众普遍开放的产品或工具。
日本环境省环境地理门户是用于查找和获取环境地理空间数据的开放数据目录。用户可以搜索数据集，在地图上预览其空间范围，下载多种地理信息格式的文件，也可以通过Web服务或API使用数据。目录按水、空气和土壤环境，以及自然环境和生物多样性等主题组织。门户展示的资料包括珊瑚浅海生态系统现状调查、日本鹿全国分布网格、植被调查数据及相关文件。主页会发布新数据和更新信息，也会提示某些数据集的下载地址发生变更。开展环境调查、自然保护、区域规划或空间分析的用户，可先按关键词或主题发现资料，再在地图中确认位置，并按具体数据集提供的方式下载或接入API。这是日本环境省运营的环境空间信息专门目录，并非一般新闻或天气网站。各数据集的授权和费用可能不同，使用前应查看该条目的说明和条件。
环境展望台是由日本国立环境研究所（NIES）运营的环境信息门户，集中展示日本各地的环境地图、观测数据、预测、统计和研究成果。环境GIS可用于查看全国及地方的大气污染、水质等状况，并提供光化学氧化剂和PM2.5浓度预测、黄沙观测与预报、热指数、交通噪声、酸雨、二噁英及海洋环境监测图层。其他地图和图表还包括按市町村估算的家庭二氧化碳排放、土地利用、人口分布情景、生活垃圾统计以及中暑急救转运人数。独立的常时大气污染监测数据页面允许用户按都道府县、监测年度和污染物筛选，下载月值、年值、小时值及测站数据。NIES说明，只要在公开结果中标注来源，下载的数据可以自由使用；页面也提供数据覆盖范围和更正通知。居民、地方政府、研究人员、教育机构和企业可利用这些资料了解、比较日本不同地区的环境状况。
日本气象业务支援中心是连接日本气象厅与民间气象企业、新闻媒体及其他气象信息使用者的公益性财团法人，负责把气象厅发布的信息及时、可靠地传递给用户。其在线服务提供报文格式和文件格式的气象数据、气象卫星图像、紧急地震速报、防灾气象信息以及气象厅云环境等内容。在线数据配送需要支付信息提供费用，申请者可向中心询问申请和接收数据所需的资料。离线数据业务则提供气象厅持有的统计、卫星、客观分析、地震震源与波形、高空气象及海上数据，目录列明各类数据的收录期间与销售价格。网站还介绍CSV等格式的编辑气象数据、订购办法和连接服务的技术资料。除数据流通外，中心还负责气象预报士考试、气象仪器检定、专业讲习会和气象研究支援，是日本官方气象信息面向组织与用户的重要服务机构。
日本气象厅的“历史气象数据查询”可让用户选择日本各地的观测站和日期，查看该地点的历史观测记录与气候常年值。页面提供年、月、日统计，以及逐日、逐小时和每十分钟观测值、观测开始以来的月值、三个月统计，还有不同时间尺度的常年值。用户还可查阅各站历史前十记录、全国历年排名和网格化常年值地图，并从相关链接进入区域平均数据或高空观测资料。气象厅另提供按条件配置并下载部分气象数据的入口，例如按周汇总的数值。页面说明常年值依据1991至2020年三十年的观测平均计算，并提醒已发布数据有时会追溯修订。公众、学生、研究人员和企业可按地点、时段及数据类型检索日本气象观测史；引用或再利用前应核对最新发布内容。
日本气象厅“您所在地区的防灾信息”门户可按都道府县或市町村查看当地天气与灾害信息。页面汇集大雨、洪水等警报和注意报、雨云移动与降雨预测、气象雷达、向日葵卫星图像、AMeDAS地面观测、降水概率、风和沿岸海浪预报、周天气预报、天气图及地震信息。用户也可以通过Kikikuru等地图资料查看与所选地区相关的防灾情况。气象厅帮助页说明，选择地区后，之后访问时还可继续显示该地区。降雨资料包括短时雨云动态和更长时段的降水预测；地震信息显示发生位置、深度、各地震度以及近期发布列表。这是日本官方气象和灾害信息的公共入口，方便居民和组织按地点查找所需资料，而不是商业天气应用。
日本数据管理联盟（JDMC）是一家日本一般社团法人，旨在推广数据管理的重要性、建立可实际应用的方法，并帮助提升日本企业和组织的国际竞争力。官方组织介绍称，该联盟成立于2011年，主张开展超越企业信息系统范围的开放活动。网站发布数据利用和数据治理案例、研究小组与研讨会信息、活动报告、公开资料、出版物及会员信息，供企业、组织和专业人士了解实践经验并交流数据管理知识。2026年的内容涉及面向AI代理的数据库设计、生成式AI应用所需的数据整备以及企业数据治理等主题。网站可以公开浏览文章和组织信息，同时也设有会员专用区域。已查阅的官方页面没有列出会费金额。
日经NEEDS是日本经济新闻社提供的经济数据服务，面向企业、市场和经济景气分析。官方网站介绍，其用户包括金融专业人士、各类企业和学术机构。数据目录涵盖企业与财务、股票与债券、商品、国内外宏观经济与金融、地区经济和产业领域，可查找企业财务及属性信息、主要股东、证券信息、商品价格、物价、就业、贸易等经济统计，以及地区和产业统计。FinancialQUEST支持在线获取NEEDS数据；BULK服务则按约定时间向客户系统定期发送最新数据。网站还列出适用于不同用途的其他数据产品和服务方式。日经说明其数据库服务为收费服务，使用原则上需要签订法人合同，因此它不是面向公众免费下载数据的门户。数据范围、交付方式和合同条件应以各具体服务页面为准。
日本地理院地图是日本国土地理院提供的官方互动地图，可叠加查看该机构制作的地形图、航空照片、高程、地形分类和灾害信息图层。用户可以搜索地名或地址定位，切换不同底图与专题图层，并把不同时期的航空照片并排或叠加比较。地图工具支持绘制标记、测量距离、查看地址和高程、生成两点之间的地形剖面、按高度给地形着色，以及以三维方式观察地形和照片。它适用于地理教育、地方调查和防灾减灾工作，帮助理解土地特征与潜在风险。地理院瓦片和各图层分别有使用条件及署名要求；若要二次利用或再发布地图数据，应先查阅官方瓦片清单和使用条款。浏览器中可直接使用地图。
日本国土数值信息下载网站是国土交通省运营的官方门户，免费公开用于国土政策和地区分析的基础地理空间数据。用户可以按主题查找全国范围内的地形与高程、土地利用、地价、行政区划、城市规划、洪水及其他灾害风险、公共设施、道路、铁路、交通和人口统计等资料。数据面向GIS使用，提供符合JPGIS规范的数据、Shapefile、XML和GeoJSON等格式；部分内容还可以在网站的地图系统中查看。门户也提供QGIS、Tableau操作指南和数据应用案例。下载本身免费，但不同数据集的许可范围、商业使用权限和限制并不相同。官方说明还提醒，有些数据相较实际情况会滞后数年，可能达到约五年，空间精度也不适合导航或辨认单栋建筑。使用前应查看具体数据的制作日期、精度说明、来源和许可条件。
日本地理空间信息中心是一个数据流通平台，帮助用户检索、获取并利用由政府机关、地方自治体、研究机构和企业等不同主体制作的地理空间信息。平台由社会基础设施信息流通推进协议会（AIGID）运营，提供数据集目录、使用指南、应用案例以及面向数据提供者的登记说明。目录中可找到Project PLATEAU三维城市模型、点云、人员流动、防灾、城市规划、基础设施和房地产等主题的数据。每个数据集的公开范围和下载条件并不相同；部分公开资料需要登录后下载，也存在收费内容。因此不能把目录中的所有数据都视为免费开放，使用前应查看相应数据集的说明和条款。它适合查找用于GIS分析、研究、行政工作和地区问题解决的空间数据。
e-Gov数据门户是日本数字厅建设并运营的中央政府开放数据目录，收录行政机关等持有并以开放数据形式提供的公共资料。用户可以从多个角度跨目录搜索数据集，查看每项数据集登记的文件、网址和内容，并了解其可用信息。网站支持按人口与家庭、交通与旅游、社会保障、教育、商业等类别浏览，也可按提供机构查找，并设有把相关数据集组合展示的专题案例集。门户还提供数据集交流区，供用户查看其他人发布的评价、意见建议、使用案例和问题报告；登录后可以自行发布内容。它的作用是帮助使用者发现、理解和再利用日本政府开放数据，而不是由门户本身制作所有底层数据。
jSTAT MAP（在地图上查看统计）是日本政府统计门户e-Stat提供的网络地理信息系统，可把都道府县、市町村、小区域和地域网格层级的统计结果显示在地图上，帮助用户观察地区差异。官方帮助说明，用户可用政府统计或自有数据制作统计地图与图表、设定分析区域，并将简单报告输出为HTML或Excel。网站将这些功能用于防灾、设施规划和市场分析等地区计划的基础分析。无需登录即可创建地图、图表、区域和简单报告；不过，保存数据、地理编码、导入或导出数据以及制作丰富报告等功能需要使用e-Stat账户登录。该网站适合将官方统计数据转换为可视化的地域分析内容。
RESAS（区域经济分析系统）是日本政府提供的网络系统，用地图和图表呈现与地区经济有关的大数据，帮助用户分析各地的情况。官方网站设有营销、旅游、人口、产业结构、区域经济循环、农业林业渔业以及医疗和长期护理等分析菜单。用户可以查看旅游景点周边特征、消费销售趋势、通行人口网格、企业网点分布、经营环境和人口构成变化等主题化地图与分析页面，为了解地区状况以及讨论地方政策或经营构想提供数据依据。官网明确说明该系统免费使用，无需注册ID。页面页脚列出日本内阁府地方创生推进室及经济产业省中小企业厅的相关团队。 网站还集中呈现当前功能菜单及各项分析示例，适合地方政府、研究人员和企业从同一页面浏览不同类型的地区指标；这些内容是可视化分析工具的说明，并非单一商业数据库或自动生成结论的服务。
