DDBJ — Banque japonaise de données ADN

DDBJ est la Banque japonaise de données ADN, gérée par le Centre de bioinformation et DDBJ de l’Institut national de génétique. Membre de la collaboration internationale INSDC, le centre reçoit les séquences nucléotidiques soumises par les chercheurs, attribue des numéros d’accès reconnus internationalement et met en ligne les enregistrements diffusés. DDBJ, l’ENA de l’EMBL-EBI et le NCBI échangent quotidiennement les données publiées et constituent ensemble une ressource internationale partagée de séquences. Le répertoire officiel comprend des séquences annotées de génomes, de gènes et de transcrits; DRA pour les données brutes et alignements de séquençage à haut débit; GEA pour la génomique fonctionnelle; BioProject et BioSample; ainsi que MetaboBank, dépôt public de données métabolomiques. Le portail propose aussi la recherche par numéro d’accès ou mot-clé, la récupération et le dépôt de données, des outils d’analyse, des API web et des téléchargements publics. JGA et AGD sont des bases distinctes à accès contrôlé pour le partage de données individuelles de génotype ou de phénotype entre chercheurs autorisés.

Fonctionnalités clés

1. Membre japonais de la collaboration internationale INSDC
2. Séquences publiques et numéros d’accès reconnus
3. Dépôts DRA, GEA et MetaboBank
4. BioProject, BioSample et consignes de dépôt
5. Bases à accès contrôlé JGA et AGD